Референс-центр по мониторингу острых кишечных инфекций
РЕФЕРЕНС-ЦЕНТРОВ ПО МОНИТОРИНГУ ЗА ВОЗБУДИТЕЛЯМИ ИНФЕКЦИОННЫХ И ПАРАЗИТАРНЫХ БОЛЕЗНЕЙ в рамках ММСП 2005
Функции в рамках
ММСП (2005)
Референс-центр по мониторингу
за:
- вирусными гепатитами
- внутрибольничными
инфекциями
- сальмонеллезами
- ОКИ
- ВИЧ и ВИЧ-ассоциированными
инфекциями
- бактериальными менингитами
- инфекциями верхних и
нижних дыхательных путей
- ИППП
Мониторинг за
менингококковой
инфекцией
ФГУН Санкт-
Петербургский
НИИЭМ им. Пастера
Референс-центр по мониторингу
за:
- иерсиниозами
- брюшным тифом
ФГУН Московский
НИИЭМ им. Г.Н.
Габричевского
Референс-центр по мониторингу
за:
- корью
- краснухой
- эпидемическим паротитом
- коклюшем
- дифтерией
ФГУН ГНЦ прикладной
микробиологии и
биотехнологии
Референс-центр по мониторингу
за:
- туляремией
- клостридиозами
- бореллиозами
- легионеллезами
- листериозом
ФГУЗ РосНИПЧИ
"Микроб"
Референс-центр по мониторингу
за чумой и другими особо
опасными бактериальными
инфекциями
Мониторинг за
чумой и другими
особо опасными
бактериальными
инфекциями
ФГУН Ростовский НИИ
микробиологии и
паразитологии
Референс-центр по мониторингу
за ларвальными гельминтозами
ФГУН Тюменский НИИ
краевой инфекционной
патологии
Референс-центр по мониторингу
за биогельминтозами
ФГУЗ Ростовский-на-
Дону НИПЧИ
Референс-центр по мониторингу
за холерой
ФГУЗ Ставропольский
НИПЧИ
Референс-центр по мониторингу
за:
- сибирской язвой
- бруцеллезами
- КГЛ
ФГУЗ Волгоградский
НИПЧИ
Референс-центр по мониторингу
за:
- глубокими микозами
- сапом, мелиоидозом
- лихорадкой Западного Нила
ФГУН Иркутский НИПЧИ
Сибири и Дальнего
Востока
Референс-центр по мониторингу
за:
- природно-очаговыми
болезнями
ФГУН ГНЦ ВБ "Вектор"
Референс-центр по мониторингу
за:
- ВИЧ/СПИД
- ортопоксивирусными
инфекциями
- гриппом птиц
- высокопатогенными штаммами
вируса гриппа
- риккетсиозами
Мониторинг за
вирусными
инфекциями I - II
групп патогеннос-
ти (оспа,
человеческий
грипп, вызванный
новым подтипом,
тяжелый острый
респираторный
синдром, вирусные
геморрагические
лихорадки Эбола,
Ласса и Марбург)
ФГУН ННИИИЭМ
им. акад. И.Н.
Блохиной
Референс-центр по мониторингу
за:
- энтеровирусными инфекциями
ИМПиТМ им. Е.Н.
Марциновского
ММА им. И.М. Сеченова
Роздрава
(по согласованию)
Референс-центр по мониторингу
за:
- малярией
- филяриитозами
- лейшманиозами
НИИПиВЭ им. М.П.
Чумакова РАМН
(по согласованию)
Референс-центр по мониторингу
за:
- полиомиелитом
- ГЛПС
- клещевым весенне-летним
энцефалитом
Мониторинг за
полиомиелитом,
вызванный диким
полиовирусом,
желтой лихорадкой
НИИ гриппа РАМН
(по согласованию)
Референс-центр по мониторингу
за гриппом
НИИ вирусологии
им. Д.И. Ивановской
(по согласованию)
Референс-центр по мониторингу
за гриппом
(1).jpg)
Об актуальных изменениях в КС узнаете, став участником программы, разработанной совместно с ЗАО "Сбербанк-АСТ". Слушателям, успешно освоившим программу выдаются удостоверения установленного образца.
Программа разработана совместно с ЗАО "Сбербанк-АСТ". Слушателям, успешно освоившим программу, выдаются удостоверения установленного образца.
Обзор документа
Письмо Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека от 7 июня 2011 г. N 01/6970-1-32 "Об организации лабораторных исследований на ОКИ, вызванной Escherichiacoli О104:Н4"
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека в дополнение к письму Роспотребнадзора от 03.06.2011 N 01/6833-1-32 "О направлении справочных материалов по лабораторной диагностике энтерогеморрагической группы эшерихий" и к письму Роспотребнадзора от 06.06.2011 N 01/6870-1-32 "О направлении рекомендаций по лабораторной диагностике энтерогеморрагической группы эшерихий" направляет для использования в работе "Временные рекомендации по организации лабораторных исследований на энтерогеморрагические эшерихии (ЕНЕС) в лаборатории субъектов Российской Федерации".
| Руководитель | Г.Г. Онищенко |
1.1 В настоящих методических рекомендациях определены порядок сбора, упаковки, хранения, транспортирования и выполнения лабораторных исследований биологического материала от больных (и умерших) пациентов при лабораторной диагностики острых кишечных заболеваний, вызванных энтерогеморрагическими эшерихиями (ЕНЕС) и детекции данных возбудителей в пищевых продуктах.
1.2 Методические рекомендации предназначены для специалистов лечебно-профилактическими органов и учреждений Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, а также могут быть использованы и другими организациями, независимо от организационно-правовой формы.
Все работы по сбору, транспортированию и подготовке проб клинического и секционного материала осуществляют в соответствии с требованиями СП 1.3.2322-08 "Безопасность работы с микроорганизмами III-IV групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней", СП 1.3.2518-09 "Безопасность работы с микроорганизмами III-IV групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней. Дополнения и изменения 1 к СП 1.3.2322-08", СП 1.2.036-95 "Порядок учета, хранения, передачи и транспортирования микроорганизмов I-IV групп патогенности", методических указаний МУ 1.3.2569 - 09 "Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности".
3.1. Показания к проведению исследований.
Исследования клинического материала проводятся в случае:
- Наличия у пациента гемолитико-уремического синдрома после (на фоне) перенесенного диарейного заболевания.
- Наличия у пациента гемолитической анемии после (на фоне) перенесенного диарейного заболевания.
- Наличия у пациента любого (по тяжести и синдромальному диагнозу) диарейного заболевания при наличии эпидемиологических данных о возможной связи заболевания с EHEC.
Исследования образцов продуктов питания проводятся по эпидемиологическим показаниям в соответствии с действующими нормативно-методическими документами.
3.1.1. Для выявления EHEC в клиническом (аутопсийном) материале и пищевых продуктах применяются диагностические тест-системы, разрешенные к применению на территории Российской Федерации в установленном порядке. Методы детекции EHEC должны базироваться на детекции специфических для данной группы факторов вирулентности или их генов (шигоподобные токсины 1 и 2 типов). Серотипирование штаммов E coli и их биохимическая характеристика не может обеспечить гарантированное выявление всех типов EHEC. Оптимальным алгоритмом лабораторной диагностики является первичное исследование клинического материала тестами на основе ПЦР с последующим выделением чистой культуры EHEC и подтверждением ее принадлежности к данной группе с применением иммунохроматографических экспресс-тестов или ПЦР. Тестирование пищевых продуктов с применением ПЦР тест-систем без предварительного культурального обогащения их образцов не допускается.
3.1.2 Забор материала от пациентов (или умерших) с подозрением на инфекционное заболевание, вызванное ЕНЕС, проводят в лечебно-профилактических учреждениях (ЛПУ). В максимально ранние сроки, до назначения антибактериальной терапии. В качестве клинического материала для исследований используют образцы фекалий. Для постмортальной диагностики используют содержимое кишечника, аутоптаты желудка, тонкого и толстого кишечника, почек. Сбор материала производят в пробирки с транспортной средой, предоставляемой (или рекомендуемой) фирмой-производителем тест-систем.
3.1.3 Первичное исследование проб материала от больных (или умерших) проводится в лабораториях лечебно-профилактических учреждений и других организаций, независимо от организационно-правовой формы, имеющих санитарно-эпидемиологическое заключение о возможности проведения работ с возбудителями III-IV группы патогенности. Выявление в клиническом материале факторов вирулентности EHEC или их генов должно учитываться в комплексной этиологической диагностике заболевания.
3.1.4. Выделенные культуры EHEC, а при невозможности их получения в ЛПУ - образцы клинического материала отправляются в лаборатории Центров гигиены и эпидемиологии в субъектах Российской Федерации. Доставка материала производится транспортом лечебно-профилактических учреждений по согласованию с управлением Роспотребнадзора субъекта Российской Федерации с учётом оптимальной транспортной схемы
3.1.5. Лаборатории Центров гигиены и эпидемиологии в субъектах Российской Федерации обобщают эпидемиологические данные по случаям EHEC-эшерихиозов для выявления групповых случаев заболеваний. Проводят подтверждающее тестирование культур на их принадлежность к EHEC. Дают серологическую характеристику изолятов с сыворотками О157, О26, О55, О111 (при наличии сывороток - также к серогруппам О113, О117, О145). При необходимости проведения оценки идентичности изолятов - направляют культуры EHEC в референс - центры по мониторингу за возбудителями инфекционных болезней ФГУН ГНЦ ПМБ Роспотребнадзора, референс - центр по мониторингу за возбудителями острых кишечных инфекций (ФГУН "Центральный научно - исследовательский институт эпидемиологии" Роспотребнадзора) и референс - центр по мониторингу за возбудителями природно-очаговых инфекционных болезней ФГУЗ "Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока" Роспотребнадзора) (далее референс-центры) с учётом оптимальной транспортной схемы (Приложение N 1).
3.1.6. Референс-центры осуществляют субвидовое типирование выделенных изолятов EHEC в соответствии с поставленными эпидемиологическими задачами с применением унифицированных протоколов анализа набора продуктов рестрикции тотальной ДНК в пульсирующем электрическом поле - пульс-электрофорез (PFGE - Pulsed Field Gel Electrophoresis). Референс - центр по мониторингу за возбудителями острых кишечных инфекций (ФГУН "Центральный научно - исследовательский институт эпидемиологии" Роспотребнадзора) осуществляет ведение единой общероссийской базы данных по циркулирующим в РФ штаммам EHEC и их депонирование в Национальном центре верификации диагностической деятельности на базе ФГУН ГНЦ ПМБ Роспотребнадзора.
3.1.7. Результаты исследований , проводимых на каждом уровне передают в Федеральную службу по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, в управление Роспотребнадзора по субъекту Российской Федерации, в учреждение, направившее материал, в день получения результата.
4.1 Сбор клинического материала и его упаковку осуществляет медицинский работник лечебно-профилактического учреждения, обученный требованиям и правилам биологической безопасности при работе и сборе материала, подозрительного на зараженность энтерогеморрагическими эшерихиями (ЕНЕС) E.coli O104:H4. Забор производят в стерильные одноразовые флаконы, пробирки, контейнеры, стерильными инструментами. Все виды работ проводят с соблюдением противоэпидемического режима, согласно СП 1.3.2322-08 "Безопасность работы с микроорганизмами III - IV групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней"
4.2 Упаковка, маркирование, условия хранения и транспортирования материала для проведения лабораторной диагностики ВГСА должны соответствовать требованиям СП 1.2.036-95 "Порядок учета, хранения, передачи и транспортирования микроорганизмов I-IV групп патогенности" и настоящих методических рекомендаций.
4.3. Процедуры по забору клинического материала обученный медицинский персонал осуществляет в резиновых перчатках. После процедуры отбора материала перчатки обрабатываются растворами дезинфицирующих средств, руки после снятия перчаток обрабатываются антисептиками в соответствии с СП 1.3.2322-08 "Безопасность работы с микроорганизмами III - IV групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней".
От одного больного должно забираться не менее трех видов клинического материала. Обязательно следует забирать пробы фекалий, промывные воды из желудка. Каждый образец материала помещают в отдельную транспортную емкость.
Для постмортальной диагностики используют аутоптаты желудка, тонкого и толстого кишечника, печени, селезенки, красного костного мозга.
4.4 Сбор материала производят в пробирки с транспортной средой, предоставляемой (или рекомендуемой) фирмой-производителем тест-систем.
4.5 Отправку материала в лабораторию осуществляют в транспортной таре со стабилизирующей средой.
5.1 Все материалы, доставляемые в лабораторию, должны быть герметично упакованы в соответствии с СП 1.2.036-95 "Порядок учета, хранения, передачи и транспортирования микроорганизмов I-IV групп патогенности":
1) в транспортную емкость (плотно закрывающиеся пластмассовые пробирки или флаконы с завинчивающимися крышками); плотно закрытый верхний конец транспортной емкости вместе с крышкой герметизируют различными пластификаторами (парафин, парафильм и др.); емкость маркируют;
2) в полиэтиленовый пакет подходящего размера с ватой (или другим гигроскопичным материалом) в количестве достаточном для адсорбции всего образца в случае его утечки; полиэтиленовый пакет следует герметично заклеить или запаять;
5.1.1 Образцы от одного пациента могут быть упакованы в один полиэтиленовый пакет. Не допускается упаковывание образцов материалов от разных людей в один и тот же пакет.
5.1.2 В полиэтиленовый пакет вкладывают бланк направления с указанием: наименование направляющего учреждения, ФИО больного, возраст, место жительства, предварительный диагноз, эпидемиологический анамнез, вид материала, дата и время взятия материала.
5.2 Герметично закрытые полиэтиленовые пакеты помещают в термоизолирующий плотно закрывающийся контейнер (термос), приспособленный для транспортирования биологических материалов.
5.2.1 В термоконтейнеры и термосы помещают охлаждающие элементы или пакеты со льдом. К наружной стенке термоконтейнера или термоса прикрепляют этикетку с указанием вида материала, условий транспортирования, названия пункта назначения.
5.3 Транспортирование проб клинического материала в референс-лаборатории, лаборатории центров гигиены и эпидемиологии в субъектах Российской Федерации и лаборатории учреждений противочумной системы Роспотребнадзора осуществляется нарочным(и), информированным о правилах доставки материала в соответствии с п.3.4. СП 1.2.036-95.
| Первичный скрининг | Подтверждающее тестирование |
|---|---|
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в г. Санкт-Петербурге | референс - центры по мониторингу за возбудителями инфекционных болезней ФГУН ГНЦ ПМБ Роспотребнадзора, референс - лаборатория по мониторингу за возбудителями острых кишечных инфекций (ФГУН "Центральный научно - исследовательский институт эпидемиологии" Роспотребнадзора) с учётом оптимальной транспортной схемы |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Республике Карелия | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Республике Коми | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Архангельской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Вологодской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Калининградской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Ленинградской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Мурманской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Новгородской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Псковской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Воронежской области | |
| ФГУЗ "Федеральный центр гигиены и эпидемиологии" | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Белгородской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Брянской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Владимирской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Ивановской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Калужской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Костромской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Курской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Липецкой области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Московской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Орловской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Рязанской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Смоленской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Тверской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Тульской области | |
| ФГУЗ "Противочумный центр Роспотребнадзора" | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Ярославской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Нижегородской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Самарской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Республике Башкортостан | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Республике Марий-Эл | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Республике Мордовия | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Республике Татарстан | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Республике Удмуртия | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Чувашской Республике | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Кировской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Оренбургской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Пензенской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Пермском крае | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Саратовской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Ульяновской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Ставропольском крае | |
| Ставропольский противочумный НИИ | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Ростовской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Краснодарском крае | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Республике Калмыкия | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Кабардино-Балкарской Республике | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Республике Дагестан | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Республике Северная Осетия | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Астраханской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Волгоградской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Республике Адыгея | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Карачаево-Черкесской Республике | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Свердловской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Курганской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Тюменской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Челябинской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Омской области | Референс - центр по мониторингу за возбудителями природно-очаговых инфекционных болезней ФГУЗ "Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока" Роспотребнадзора) |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Красноярском крае | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Алтайском крае | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Республике Бурятия | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Республике Тыва | |
| ФГУЗ "ЦгиЭ" в Республике Алтай | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Иркутской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Кемеровской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Новосибирской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Томской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Читинской области | |
| Хабаровская противочумная станция | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Хабаровском крае | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Приморском крае | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Амурской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Магаданской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Республике Саха (Якутия) | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Камчатской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Сахалинской области | |
| ФГУЗ "ЦГиЭ" в Еврейской автономной области |
Письмо Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека от 7 июня 2011 г. N 01/6970-1-32 "Об организации лабораторных исследований на ОКИ, вызванной Escherichiacoli О104:Н4"
Текст письма официально опубликован не был
Обзор документа
Приведены временные рекомендации по организации исследований на энтерогеморрагические эшерихии (ЕНЕС) в лаборатории субъектов Федерации.
Определено, как собирается, упаковывается, хранится, транспортируется и исследуется биоматериал от больных (умерших) пациентов при лабораторной диагностике острых кишечных заболеваний, вызванных ЕНЕС. Закреплен порядок детекции данных возбудителей в пищевых продуктах.
При проведении указанных работ должны соблюдаться меры безопасности.
Определены показания к проведению исследований.
Результаты исследований, проводимых на каждом уровне, передают в день их получения в Роспотребнадзор, его управления по субъекту Федерации, в учреждение, направившее материал.
[youtube.player]1.1. В настоящих методических указаниях определены порядок применения молекулярно-генетических методов исследования, а также сбора, упаковки, хранения и транспортирования биологического материала и образцов объектов окружающей среды (ООС) при обследовании очагов острых кишечных инфекций с групповой заболеваемостью различной этиологии, вызванных ПБА III - IV группы, не относящимися к условно-патогенной флоре (УПФ).
1.2. Методические указания предназначены для специалистов органов и учреждений Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, а также могут быть использованы лечебно-профилактическими и другими учреждениями, независимо от ведомственной принадлежности и организационно-правовой формы.
ВОЗ - всемирная организация здравоохранения
ЖКТ - желудочно-кишечный тракт
ОКИ - острые кишечные инфекции
ООС - объекты окружающей среды
ОТ-ПЦР - полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией
ПБА - патологические биологические агенты
ПЦР - полимеразная цепная реакция
УПФ - условно-патогенная флора
AFLP - оценка полиморфизма длинны фрагментов амплификации
EIEC - энтероинвазивные Е. coli
LCR - лигазная цепная реакция
MLST - мультилокусное секвенирование-типирование
NASBA - метод изотермической амплификации РНК (Nucleic Acids Seaquencence Amplification)
PFGE - электрофорез в пульсирующем поле
RAPD - амплификации со случайными праймерами
VNTR - амплификация тандемных повторов с переменной копийностью
К молекулярно-генетическим методам исследования относятся методы выявления и характеристики инфекционных агентов на основе исследования их нуклеиновых кислот с применением или без применения амплификационных технологий путем определения наличия, размера и нуклеотидного состава различных элементов генома возбудителя, либо сочетания этих подходов.
Наибольшее распространение получили амплификационные методы на основе полимеразной цепной реакции (ПЦР). Для выявления ее продуктов применяются методы гель-электрофореза, гибридизации с флуоресцентно-меченными зондами, гибридизационно-ферментное выявление продуктов ПЦР и способы детальной характеристики продукта с применением нуклеотидных биочипов и метода прямого секвенирования нуклеотидных последовательностей продуктов реакции.
Достаточно широкое распространение имеют также методы анализа генома возбудителя без применения амплификационных технологий. Наиболее распространенным из них является метод электрофореза в пульсирующем поле.
Применение молекулярно-генетических методов исследования должно рассматриваться не как альтернатива, а как обязательное дополнение к регламентированным схемам диагностики острых кишечных инфекций, позволяющее оперативно выявлять комплекс возбудителей ОКИ и проводить оценку идентичности бактериальных и вирусных изолятов.
4.1. Молекулярно-генетические методы исследования в очагах ОКИ с групповой заболеваемостью применяются для решения следующих задач:
• наиболее раннего установления этиологии заболеваний с целью своевременного начала адекватной терапии и проведения соответствующих санитарно-противоэпидемических (профилактических) мероприятий;
• выявления ДНК/РНК возбудителей в предполагаемых факторах передачи и источниках инфицирования;
• оценки идентичности изолятов возбудителей, выделенных из различных материалов с целью определения источников инфицирования и факторов передачи инфекции.
4.2. Применение молекулярно-генетических методов исследования является обязательным в случае исследования материала из очагов ОКИ с групповой заболеваемостью:
• при регистрации в очаге групповой заболеваемости ОКИ летальных исходов от данных заболеваний, в том числе установленной этиологии;
• при отсутствии выделения от пациентов (> 30 % обследованных) безусловных патогенов в эпидемически значимых количествах в сроки, регламентированные действующими нормативно-методическими документами;
• при выделении от больных только условно-патогенной флоры в единичных случаях, без достоверно выявленного фактора передачи возбудителя;
• при проведении детекции вирусных агентов в материалах из окружающей среды, продуктов питания или лиц - предполагаемых источников инфицирования (если такая область применения регламентируется производителем диагностических препаратов);
• при проведении оценки идентичности изолятов микроорганизмов, выявленных из различных источников и нерезультативном применении при этом комплекса классических микробиологических и серологических методик.
4.3. При работе в эпидемических очагах ОКИ формирование панели образцов для исследования с определением количества обследуемых больных, лиц, подвергшихся риску заражения, декретированного контингента, образцов ООС и выделенных изолятов возбудителей определяется специалистами, уполномоченными осуществлять государственный санитарно-эпидемиологический надзор в соответствии с действующими нормативно-методическими документами.
4.4. Для обеспечения контроля качества проводимых исследований целесообразно дополнительно направлять на исследование клинический материал от лиц без клинических проявлений заболевания, не имеющих эпидемиологической связи с обследуемым очагом в количестве
20 % от количества лиц, имеющих эпидемиологическую связь с очагом в виде единой зашифрованной отправителем панели. Клинический материал от лиц - предполагаемых источников инфицирования не подлежит зашифровке в целях правильной организации лабораторных исследований.
4.8. При получении отрицательных результатов первичного исследования клинического материала от больных и при получении дискордантных результатов исследований в региональных центрах, первичный клинический материал, образцы проб ООС и выделенные культуры возбудителей направляются для исследования в референс-центр по мониторингу за возбудителями острых кишечных инфекций.
4.9. Референс-центр по мониторингу за возбудителями острых кишечных инфекций оказывает информационно-методическую поддержку деятельности органов и учреждений Роспотребнадзора.
4.11. Региональные центры Роспотребнадзора ежеквартально (до 15-го числа следующего месяца) направляют информацию о результатах этиологической верификации очагов ОКИ с групповой заболеваемостью в референс-центр по мониторингу за возбудителями острых кишечных инфекций в разрезе курируемых территорий.
4.12. Референс-центр по мониторингу за возбудителями острых кишечных инфекций ежегодно (до 15-го марта следующего за отчетным года) направляет в Федеральную службу по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека отчет о регистрации и этиологической верификации очагов ОКИ с групповой заболеваемостью на территории Российской Федерации, а также рекомендации по совершенствованию применяемых при их расследовании методов лабораторной диагностики.
5.1. Сбор хранение и транспортировка клинического материала и образцов ООС осуществляется врачами ЛПУ и специалистами, уполномоченными осуществлять государственный санитарно-эпидемиологический надзор в соответствии с действующими нормативно-методическими документами (раздел № 7) и инструкциями к используемым тест-системам.
5.2. Лабораторным исследованиям подлежат следующие материалы:
• клинический материал от пострадавших лиц, полученный в первые 72 ч от начала заболевания и не позднее 1 дня госпитализации (фекалии, взятые в объеме 2 - 5 мл), рвотные массы, по согласованию - мазки из ротоглотки и другие типы клинического материала);
• аутопсийный материал (фекалии, фрагменты стенки различных отделов ЖКТ);
• клинический материал от лиц - предполагаемых источников инфицирования (фекалии, взятые в объеме 2 - 5 мл, или ректальные мазки (прилож. 1), рвотные массы, по согласованию - образцы крови и другие типы клинического материала). Сбор ректальных мазков следует проводить только при невозможности получения фекалий в виде объемной пробы;
• образцы объектов окружающей среды (ООС), как предполагаемых факторов передачи заболевания. Объем выборки ООС (продукты питания, концентраты образцов воды) определяется специалистами, уполномоченными осуществлять государственный санитарно-эпидемиологический надзор. При исследовании продуктов питания обязательным является исследование смывов с их упаковок, поэтому продукты питания для исследования необходимо предоставлять в целой упаковке;
• культуры штаммов микроорганизмов, выделенных при проведении исследований клинического материала или ООС на транспортных средах.
5.3. Не допускается транспортировка клинического материала от больных и выделенных культур микроорганизмов в одном контейнере с образцами ООС и материалом от лиц - предполагаемых источников инфицирования.
5.4. В учреждении, осуществляющем первичное исследование материала, каждый образец клинического материала и ООС делится на две части, одна из которых подвергается исследованию, а другая хранится для обеспечения возможности ее исследования в региональном центре или референс-центре по мониторингу за возбудителями острых кишечных инфекций.
6.1. Лабораторные исследования проводятся в соответствии с действующими нормативно-методическими документами.
Для выявления патогенов методом ПЦР (ОТ-ПЦР) предпочтение должно отдаваться диагностическим тест-системам, которые обеспечивают максимальную контаминационную безопасность исследований (тест-системы с гибридизационно-флуоресцентной детекцией, с возможностью использования деконтаминационных процедур на основе принципа пост-ПЦР стерилизации).
Референс-центр по мониторингу за возбудителями острых кишечных инфекций использует в своей работе весь доступный комплекс молекулярно-генетических методик.
6.3. Минимальный спектр исследований клинического материала от пострадавших при вспышках ОКИ должен включать детекцию:
• норовирусов 2 генотипа;
• ротавирусов группы А;
• микроорганизмов рода Shigella и энтероинвазивных Е. coli (ЕIЕС);
• микроорганизмов рода Salmonella;
• термофильной группы микроорганизмов рода Campylobacter.
Для детекции ротавирусов группы А в клиническом материале могут альтернативно применяться диагностические тест-системы на основе ИФА или латекс-агглютинации при наличии данных о их валидации относительно тест-систем, рекомендованных для использования ВОЗ (Базовые протоколы оценки бремени ротавирусных гастроэнтеритов по данным госпитализации и изучения обращаемости детей за медицинской помощью по поводу гастроэнтеритов на уровне обслуживаемого населения).
Для детекции перечисленных групп бактериальных возбудителей обязательно параллельное применение бактериологической диагностики, проводимой в соответствии с действующими нормативно-методическими документами, с получением чистых культур возбудителей для возможного проведения впоследствии оценки их идентичности.
6.4. При неинформативности исследования на первичный спектр микроорганизмов (п. 6.3) или наличии дополнительных клинико-эпидемиологических данных в данный спектр исследований целесообразно включать возбудителей астровирусной инфекции, аденовирусной инфекции, тифо-паратифозных заболеваний, иерсиниозов, эшерихиозов.
При наличии клинико-эпидемиологических данных не позволяющих исключить у пациента холеру, лабораторное исследование материала проводится в соответствии с действующими нормативно-методическими документами.
6.5. Лабораторное исследование материала от пострадавших на наличие возбудителей острых кишечных инфекций вирусной и бактериальной этиологии, вызванных ПБА III - IV группы проводится в течение 24-х часов с момента его поступления в лабораторию. При поступлении в лабораторию большого количества образцов и невозможности их исследования в указанные сроки в полном объеме, специалистами лаборатории формируется репрезентативная выборка (не менее 20 образцов), исследование которой производится в вышеуказанные сроки, с последующим проведением полного объема исследований.
6.6. Лабораторные исследования по установлению идентичности изолятов микроорганизмов проводятся с применением молекулярно-генетических методик, обеспечивающих:
• необходимую для исследований разрешающую способность (способность дифференцировки штаммов микроорганизмов, циркулирующих на данной территории);
• межлабораторную воспроизводимость результатов исследований;
• низкий риск получения невалидных результатов исследования в комплексе с применением диагностических тест-систем.
6.7. В отношении возбудителей вирусной этиологии используются методы, основанные на прямом секвенировании вариабельного участка (участков) их генома. Для исключения получения ложноположительных результатов, методом прямого секвенирования исследуются смещенные или альтернативные по отношению к используемым для диагностики области генома возбудителя. Предпочтение должно отдаваться методикам, позволяющим провести исследование возможно более протяженного участка генома возбудителя.
6.8. В отношении возбудителей бактериальной этиологии, используются методы, минимизирующие возможность субъективной оценки их результатов. Предпочтение должно отдаваться широко используемым в мире методикам, позволяющим провести сопоставление получаемых результатов с международными данными (мультилокусное секвениро-вание-типирование - MLST и его варианты, амплификация тандемных повторов с переменной копийностью - VNTR и его варианты, электрофорез в пульсирующем поле - PFGE, оценка полиморфизма длинны фрагментов амплификации - AFLP). Желательно более широкое применение методик основанных на прямом секвенировании участка (участков) генома возбудителя, как методик обеспечивающих абсолютную воспроизводимость исследований.
Не рекомендуется применение методик, обладающих низкой межлабораторной воспроизводимостью - например амплификации со случайными праймерами (RAPD) или низкой дифференцирующей способностью.
6.9. При необходимости проведения одновременного исследования клинического материала от пострадавших и материалов с потенциально редким или низким содержанием возбудителя (ООС, предполагаемые источники инфицирования) придерживаются следующей последовательности выполнения работ:
1. Обработка материала и выделение нуклеиновых кислот (без проведения детекции патогенов) из образцов с потенциально редким или низким содержанием возбудителя (ООС, лица - предполагаемые источники инфицирования).
2. Обработка и исследование материала от пострадавших лиц и установление доминирующего возбудителя или доминирующих возбудителей.
3. Тестирование проб ООС и материала от лиц - предполагаемых источников инфицирования на наличие доминирующего патогена или патогенов.
При проведении лабораторной диагностики заболеваний данной группы следует учитывать, возможную крайне высокую концентрацию их возбудителей в клиническом материале и высокий риск перекрестной контаминации образцов при нарушении правил их хранения, транспортировки и обработки. Особенно характерным это является для ротавирусов и аденовирусов.
6.10. При проведении исследования продуктов питания на содержание ПБА наряду с самим продуктом исследуются смывы с его упаковки.
6.11. При тестировании материалов с потенциально редким или низким содержанием возбудителя с применением тест-систем на основе амплификационных технологий количество отрицательных контролей, прошедших все этапы исследований, должно составлять не менее 20 % от количества исследуемых образцов.
6.12. По результатам проведенных исследований оформляется заключение в котором должна быть представлена следующая информация:
• количество, характер поступивших на исследование образцов и их состояние после транспортировки (особое внимание должно уделяться состоянию целостности первичных контейнеров и упаковок продуктов питания);
• перечень использованных тест-систем;
• полученные результаты исследования.
При проведении исследования части образцов оформляется предварительное заключение, в котором дополнительно приводятся сведения о доле исследованных образцов.
6.13. В заключении, оформляемом по результатам оценки идентичности изолятов, должна быть представлена следующая информация:
• количество, состояние полученных культур микроорганизмов;
• краткое описание используемой методики, с указанием используемого оборудования и программного обеспечения, при использовании метода прямого секвенирования - размеров и расположения анализируемых участков генома;
• при использовании методик, результаты которых имеют форму паттернов (VNTR, AFLP, PFGE) - графическое представление полученных результатов.
6.14. Организации, ответственные за проведение данных разделов работы сохраняют образцы клинического материала и ООС, культуры микроорганизмов и результаты исследований в виде первичных материалов (файлы, полученные на детектирующих приборах) до оформления окончательного донесения о очаге инфекционного заболевания с групповой заболеваемостью, а при проведении комиссионной судебной экспертизы в рамках уголовного дела - до истечения срока обжалования решения суда.
Пробу фекалий (1,0 - 2,0 г) у грудных детей забирают из подгузника у пациентов старшего возраста - из помещенного в горшок или подкладное судно одноразового полиэтиленового пакета или одноразовой пластиковой емкости (чашка Петри). Затем в количестве 1,0 г (примерно) переносят в специальный стерильный контейнер. Контейнер с материалом доставляется в лабораторию в емкости со льдом в течение 1 суток.
Условия хранения и транспортировки материала:
• при температуре 2 - 8 °С - в течение 1 суток;
• при температуре минус 20 °С - в течение 1 недели.
Допускается только однократное замораживание-оттаивание материала.
(ЦНИИЭ Роспотребнадзора, г. Москва, ул. Новогиреевская, 3)
(заполняется на очаги с групповой заболеваемостью от 5-ти случаев)
Наименование муниципального образования (город, район, населенный пункт)
Число случаев заболеваний/ в том числе среди детей
Выделен возбудитель (определен молекулярно- генетическими методами), не выделен/не определен
От скольких больных выделен возбудитель
От скольких контактных выделен возбудитель/ работников декретированных групп
С каких объектов внешней среды выделен (определен) возбудитель (вода, продукты, готовые блюда, смывы
Метод, которым определен возбудитель, используемые тест-системы
Учреждение, лаборатория, где проводились исследования
Исследования, проведенные в региональном центре по конкретному очагу (наименование материала, число проб, метод, результат)
[youtube.player]Читайте также: