Микробиологический анализ на инфекции

Подтверждаем по телефонному звонку, что Вы записаны в нашу клинику

Микробиологические исследования представляют собой посевы различных биологических сред и секретов на питательные среды с целью выявления анаэробных и аэробных микроорганизмов и установления их этиологической роли в инфекционном процессе. Посев на микрофлору обычно дополняется определением чувствительности выделенных патогенов к антибиотикам, бактериофагам и антимикотическим препаратам. В лабораторной диагностике производится культуральное (бактериологическое) исследование мочи, крови, кала; отделяемого из уха, глаза, верхних дыхательных путей, мочеполовых органов; грудного молока, мокроты, раневого секрета и др. Забор биоматериала осуществляется с соблюдением стерильности. Микробиологическое исследование проводится до начала этиотропной терапии.

Сдать микробиологические анализы

МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ	Цена, руб.
*Автоматический посев и идентификация микроорганизмов с помощью времяпролетной МАСС-спектрометрии (MALDI-TOF) с раширенной антибиотикограммой, выполненной на автоматической системе VITEK	5940
Автоматический посев и прямая масс-спектрометрическая идентификация микроорганизмов, ЛОР-органы (для детей)
*Автоматический посев и идентификация микроорганизмов с помощью времяпролетной МАСС-спектрометрии (MALDI-TOF) с раширенной антибиотикограммой, выполненной на автоматической системе VITEK, в отделяемом ЛОР-органов детей	6750
Посевы на микрофлору, урогенитальный тракт женщины
*Посев на микрофлору отделяемого урогенитального тракта женщины с определением чувствительности к основному спектру антибиотиков, в т.ч. кандида	1890
*Посев на микрофлору отделяемого урогенитального тракта женщины с определением чувствительности к расширенному спектру антибиотиков, в т.ч. кандида	1809
*Посев на микрофлору отделяемого урогенитального тракта женщины с определением чувствительности к основному спектру антибиотиков и бактериофагам, в т.ч. кандида	1809
*Посев на микрофлору отделяемого урогенитального тракта женщины с определением чувствительности к расширенному спектру антибиотиков и бактериофагам, в т.ч. кандида	1836
Исследование биоценоза влагалища
Исследование на биоценоз влагалища (диагностика бактериального вагиноза)	2160
Посевы на микрофлору, урогенитальный тракт мужчины
*Посев на микрофлору отделяемого урогенитального тракта мужчины с определением чувствительности к основному спектру антибиотиков, в т.ч. кандида	1755
*Посев на микрофлору отделяемого урогенитального тракта мужчины с определением чувствительности к расширенному спектру антибиотиков, в т.ч. кандида	1755
*Посев на микрофлору отделяемого урогенитального тракта мужчины с определением чувствительности к основному спектру антибиотиков и бактериофагам, в т.ч. кандида	1755
*Посев на микрофлору отделяемого урогенитального тракта мужчины с определением чувствительности к расширенному спектру антибиотиков и бактериофагам, в т.ч. кандида	1890
Посев на микоплазмы и уреаплазмы
*Посев на микоплазму и уреаплазму (Mycoplasma hominis, Ureaplasma species) с определением чувствительности к антибиотикам	2171
Посевы на микрофлору, отделяемое других органов и тканей
грудное молоко из левой молочной железы, грудное молоко из правой молочной железы, суставная жидкость, плевральная жидкость, жидкость из брюшной полости, мокрота, транссудат, экссудат, мазок раневой поверхности, другое (указать)
Внимание! В контейнер eSWAB биологическая жидкость помещается в количестве 1 мл.
*Посев на микрофлору отделяемого других органов и тканей с определением чувствительности к основному спектру антибиотиков, в т.ч. кандида	1836
*Посев на микрофлору отделяемого других органов и тканей с определением чувствительности к расширенному спектру антибиотиков, в т.ч. кандида	1890
*Посев на микрофлору отделяемого других органов и тканей с определением чувствительности к основному спектру антибиотиков и бактериофагам, в т.ч. кандида	1890
*Посев на микрофлору отделяемого других органов и тканей с определением чувствительности к расширенному спектру антибиотиков и бактериофагам, в т.ч. кандида	1890
Посевы на микрофлору, ЛОР-органы
*Посев на микрофлору отделяемого ЛОР-органов с определением чувствительности к основному спектру антибиотиков, в т.ч. кандида	1890
*Посев на микрофлору отделяемого ЛОР-органов с определением чувствительности к расширенному спектру антибиотиков, в т.ч. кандида	1890
*Посев на микрофлору отделяемого ЛОР-органов с определением чувствительности к основному спектру антибиотиков и бактериофагам, в т.ч. кандида	1890
*Посев на микрофлору отделяемого ЛОР-органов с определением чувствительности к расширенному спектру антибиотиков и бактериофагам, в т.ч. кандида	1890
**Посев на дифтерийную палочку (Corynebacterium diphtheriae, BL)	810
**только для верхних дыхательных путей
Посев на гемофильную палочку
мазок из зева, мазок из носа, мазок из урогенитального тракта, моча, мокрота, другое (указать)
*Посев на гемофильную палочку (Haemophylus influenzae) с определением чувствительности к антибиотикам	1350
Посевы на микрофлору, конъюнктива
*Посев на микрофлору отделяемого конъюнктивы с определением чувствительности к основному спектру антибиотиков, в т.ч. кандида	1890
*Посев на микрофлору отделяемого конъюнктивы с определением чувствительности к расширенному спектру антибиотиков, в т.ч. кандида	1890
*Посев на микрофлору отделяемого конъюнктивы с определением чувствительности к основному спектру антибиотиков и бактериофагам, в т.ч. кандида	3240
*Посев на микрофлору отделяемого конъюнктивы с определением чувствительности к расширенному спектру антибиотиков и бактериофагам, в т.ч. кандида	2160
Посевы крови
*Посев крови на стерильность с определением чувстивительности к антибиотикам	2970
Посев на пиогенный стрептококк (Streptococcus pyogenes)
*Посев на пиогенный стрептококк (Streptococcus pyogenes) с определением чувствительности к антибиотикам	1485
Посев на золотистый стафилококк (Staphylococcus aureus)
*Посев на золотистый стафилококк (Staphylococcus aureus) с определением чувствительности к антибиотикам	1080
Посев на грибы рода кандида
мазок из цервикального канала, мазок с шейки матки, мазок из влагалища, мазок из уретры, мокрота, мазок раневой поверхности, мазок из носа, мазок из зева, кал, моча, другое (указать)
Посев на грибы рода кандида (Candida) с идентификацией и определением чувствительности к антимикотическим препаратам	1620
Посев на грибы
Посев на грибы (возбудители микозов)	1890
Посевы кала
*Посев на возбудителей кишечной инфекции (сальмонеллы, шигеллы) с определением чувствительности к антибиотикам	1701
*Посев на иерсинии с определением чувствительности к антибиотикам	1134
Исследование кала на дисбактериоз
*Дисбактериоз с определением чувствительности к бактериофагам	2430
*Дисбактериоз с определением чувствительности к антибиотикам и бактериофагам	2160
Посевы на микрофлору, моча
*Посев мочи на микрофлору с определением чувствительности к основному спектру антибиотиков, в т.ч. кандида	1350
*Посев мочи на микрофлору с определением чувствительности к расширенному спектру антибиотиков, в т.ч. кандида	1620
*Посев мочи на микрофлору с определением чувствительности к основному спектру антибиотиков и бактериофагам, в т.ч. кандида	1620
*Посев мочи на микрофлору с определением чувствительности к расширенному спектру антибиотиков и бактериофагам, в т.ч. кандида	1620

Микробиологические исследования подразделяются на четыре основных метода диагностировнаия:

2. Бактериологический. Он предусматривает посев на питательную среду с дальнейшим выделением и идентификацией из биоматериала чистой культуры.

3. Биологический. Этот метод еще называется экспериментальным диагностированием. Базируется на внедрении патологического материала в организм подопытного животного. При наличии патогенной микрофлоры в организме последнего развивается соответствующий болезненный процесс.

Врачи различных специальностей получают множество сведений о состоянии здоровья пациентов не только из его жалоб и полученных во время осмотра данных. Ценную информацию дают современные микроскопические исследования (бактериоскопия) — анализы на микрофлору. Их результаты можно получить довольно быстро, при этом мазки на микрофлору позволяют оценить функциональное состояние органов и систем, выявить заболевания или определить, насколько эффективно лечение.

Анализ мазка на микрофлору: что это и зачем он нужен?

Мазок на микрофлору — это бактериоскопический метод исследования биологического материала. К его основным преимуществам относят доступность и быстроту получения результата. Делается он очень просто: врач аккуратно собирает отделяемое со слизистой оболочки. После этого полученный материал может быть окрашен, обработан солевым раствором или раствором КОН, а затем он тщательно изучается под микроскопом.

Сдав мазок на микрофлору, можно выявить бактерии, грибы и простейшие. Но не всегда можно верно определить их род и вид, ведь они часто бывают схожи или меняются под действием лекарств и других факторов, иногда их концентрация может быть недостаточной. А вот узнать количество микроорганизмов, оценить их форму, размеры и расположение при проведении такого анализа вполне реально. Это позволит получить представление о функциональном состоянии различных органов, оценить наличие или отсутствие воспалительного процесса и степень его выраженности, даже если он протекает без особых проявлений.

Кроме изучения под микроскопом, собранный биологический материал может быть использован для бактериологического анализа-посева на микрофлору. Это лабораторное исследование поможет максимально точно выявить возбудителей инфекций, их пропорциональное соотношение и даже чувствительность к тем или иным антибиотикам.

Существует несколько видов такого лабораторного исследования:

1. Гинекологический мазок на микрофлору . Биоматериалом для проведения гинекологической бактериоскопии служит отделяемое со слизистой влагалища, мочеиспускательного канала или шейки матки.

Показаниями к проведению анализа на микрофлору у женщин являются:

• боли внизу живота при мочеиспускании;
• зуд или жжение во влагалище;
• наличие выделений из влагалища;
• раздражение в области половых органов;
• длительный прием антибиотиков.

Это исследование требуется проходить женщинам при планировании беременности и/или в случаях, когда повышен риск заражения инфекциями, передающимися половым путем.

2. Мазок на микрофлору у мужчин . У мужчин материалом для исследования является секрет предстательной железы, сперма и соскоб из уретры.

Такой анализ, как мазок на микрофлору из уретры назначается всем без исключения при обращении к врачу урологического отделения или венерологу при профилактическом осмотре. Он необходим при:

• наличии непривычных выделений из наружного отверстия мочеиспускательного канала;
• подозрении бесплодия;
• ощущении боли или дискомфорта в мочеиспускательном канале;
• любом заболевании, передающимся половым путем.

3. Мазок из носа и зева на микрофлору . Материалом для проведения анализа на микрофлору из зева или носа является отделяемое со слизистой оболочки этих органов.

Назначается он при:

• ангине с налетом, стенозирующем ларинготрахеите, гнойных образованиях рядом с миндалинами или мононуклеозе на фоне инфекции;
• туберкулезе;
• рините, синусите и фарингите;
• частом насморке или болезнях горла.

Мазок изо рта на микрофлору — это еще и обязательный анализ при подозрении на дифтерию или коклюш.

4. Мазок из уха на микрофлору . Мазок на микрофлору из уха назначают при наружных, средних и внутренних отитах гнойного или серозного характера, так как данный анализ показывает, что вызвало заболевание и какой следует назначить антибиотик. Материал берется только со слизистой наружного уха.

Результаты посева мазка на микрофлору будут достоверными и информативными в том случае, если пациент соблюдает правила подготовки к забору биологического материала, а процедура выполнена врачом правильно.

Мазок на микрофлору в гинекологии проводится только в то время, когда у женщины нет менструального кровотечения. За 1–2 дня перед этим анализом нельзя:

• вступать в половой контакт;
• делать спринцевания;
• пользоваться лубрикантами;
• принимать ванную.

В день проведения гинекологической бактериоскопии не желательно мыть наружные половые органы, используя моющие средства, а за 2–3 часа до анализа их не рекомендуется даже мочить.

Если врач-уролог назначил мужчине проведение мазка из мочеиспускательного канала, ему следует:

• за 1–2 дня до проведения исследования отказаться от половых контактов;
• вечером накануне взятия биоматериала провести гигиену наружных половых органов;
• за 2–3 часа до визита к врачу постараться не мочиться;
• за 7 дней до обследования прекратить прием лекарств, использование которых не согласовывалось с врачом.

Забор мазка на микрофлору из мочеиспускательного канала мужчины длится всего 2–3 минуты. В мочеиспускательный канал вводится специальный зонд на глубину 4–5 сантиметров и извлекается вращательными движениями.

Довольно часто мазок из зева на микрофлору дает ложный результат. Это связано с тем, что пациент нарушает правила подготовки к исследованию. А ведь они очень просты! Во время подготовки к сдаче мазка из зева на микрофлору нужно:

• ничего не есть до обследования;
• за 2 часа до анализа ничего не пить;
• не чистить зубы и не полоскать горло до забора материала.

Также, перед тем как сдавать мазок из зева на микрофлору, нельзя использовать растворы для полоскания горла или спреи, содержащие противомикробные средства или антибиотики. Сама процедура получения образца биологического материала безболезненна и проста. Берется он ватной палочкой, которая вводится в рот и осторожно прижимается к поверхности задней стенки глотки и миндалин.

За несколько суток до проведения анализа из носа на микрофлору нужно исключить применение растворов и мазей для носа, содержащих антибиотики. Биологический материал извлекается ватной палочкой и наносится на предметное стекло.

Анализ на микрофлору из уха точно и достоверно показывает, что вызвало отит, если проводится до начала антибактериальной терапии. Мазок берется ватной палочкой и наносится перекатыванием на предметное стекло. Каждое стекло маркируется, чтобы можно было различить исследование, взятое из левого и правого уха.

Цена анализа на микрофлору у женщин невысокая по сравнению с другими комплексными гинекологическими обследованиями. Но при этом анализ позволяет выявить:

• бактериальный вагиноз;
• аэробный и атрофический вагинит;
• кандидоз;
• воспаление, вызванное гонореей или трихомониазом;
• другие заболевания.

В результатах лабораторного исследования гинекологического мазка на флору указываются следующие данные:

Мазок на микрофлору у мужчин помогает выявить уретрит, простатит, хламидиоз, гонорею, трихомониаз, уреапламоз и микоплазмоз. В расшифровке результата встречаются:

• лейкоциты — присутствие лейкоцитов допустимо в количестве не более 5-ти. Показатели выше нормы свидетельствуют о наличии воспалительного процесса, простатита или уретрита.
• эпителий — если эпителия в мазке более 10-ти, в мочеиспускательном канале проходит воспалительный процесс.
• гонококки — их присутствие в мазке свидетельствует о гонорее.
• прочие кокки (стрептококки, стафилококки или энтерококки) — в большой концентрации они являются признаком уретрита.
• трихомонады — их выявление является подтверждением трихомониаза.

В результатах мазка из уха дается информация о количестве условно-патогенных микроорганизмов (стрептококков, стафилококков или энтерококков) и дрожжеподобных грибов. Нормальный показатель — не более 10 4 КОЕ/тампон.

В мазке из носа или зева на микрофлору обычно обнаруживаются такие организмы, как:

• коринобактерии дифтерии;
• гемолитические стрептококки;
• пневмококки;
• золотистый стафилококк;
• менингококк;
• гемофильная палочка;
• листерия;
• другие микробы.

Если их содержание не превышает 10 4 КОЕ/мл, нет никакой необходимости проводить профилактическое лечение, чтобы очистить от них горло или нос.

Итак, мазок на микрофлору — достоверный и простой метод диагностирования различных заболеваний с широким спектром применения. Но только при верной расшифровке, которую может дать квалифицированный врач, лабораторные данные такого исследования дадут возможность поставить верный диагноз, подобрать соответствующее лечение и предотвратить переход болезней в хроническую форму.

Возможность ПЦР-диагностики инфекций мочевыводящих путей, вызванных бактериальными возбудителями.

Инфекции мочевыводящих путей (ИМП) продолжают оставаться одними из самых распространенных бактериальных инфекций человека. Наиболее частыми возбудителями являются Escherichia coli, реже встречаются другие представители семейства Enterobacteriaceae, бактерии родов Staphylococcus, Enterococcus, Streptococcus, Pseudomonas, Acinetobacter. Роль грамположительной флоры увеличивается при развитии хронических заболеваний или госпитальных инфекций. Более чем у 20% больных наблюдается ассоциация микробов, при этом грамотрицательные бактерии чаще сочетаются с грамположительными (например: E. сoli и E. faecalis).

ИМП у женщин встречаются гораздо чаще, чем у мужчин, что обусловлено анатомическим строением мочевыделительной системы. В год в среднем 8–15% взрослых женщин страдают от ИМП, тогда как встречаемость ИМП у мужчин той же возрастной группы примерно 1% в год. Серьезную проблему представляет ОИМП (осложненные инфекции мочевыводящих путей), к которым относятся заболевания, характеризуемые наличием функциональных или анатомических патологий в организме. Пациенты, страдающие ОИМП, более остальных склонны к быстрому развитию инфекционного процесса, который, в свою очередь, требует принятия быстрого решения о назначении адекватной терапии.

Диагноз ИМП ставится на основании клинических симптомов и результатов лабораторной диагностики. В качестве методов диагностики ИМП в клинических лабораториях используют проточные цитометры, микроскопию с окрашиванием по Граму, микробиологические методы исследования мочи. Посев мочи на наличие бактерий остается референсным методом исследования, давая представление о качественном и количественном составе микрофлоры, а также чувствительности выделенного микроорганизма к антибиотикам. Однако, данный метод является достаточно длительным и трудоемким, помимо того существует ряд возбудителей (анаэробная флора, L-формы микроорганизмов), культивирование которых представляет особенную сложность и часто не доступно для клинических лабораторий.

С диагнозом ИМП в микробиологическую лабораторию для рутинной обработки поступает большое количество анализов, требующих разработки и применения быстрых и чувствительных методов обнаружения бактерий в моче. В первую очередь это относится к таким группам пациентов, как беременные, пациенты с бессимптомной бактериурией, дети. Для сокращения времени выдачи результатов актуальной задачей является разработка нового скринингового метода, который позволит быстро выявить отрицательные образцы мочи и даст представление о видовом составе патогенов в исследуемом материале. В этой связи наиболее перспективным выглядит метод полимеразной цепной реакции (ПЦР), который позволяет быстро и точно проводить идентификацию бактерий путем анализа генетического материала микроорганизмов.

Целью данной работы была оценка возможности нового скринингового метода идентификации патогенов в моче путем количественной ПЦР в режиме реального времени и сравнение полученных результатов с микробиологическими методами исследования.

Материалы и методы

Микробиологические исследования. Образцы мочи поступали в микробиологическую лабораторию для посева на микрофлору. Посев производили на неселективную среду Уриселект 4 (Bio-Rad, США) для изолирования и подсчета микроорганизмов из мочевого тракта; прямой идентификации E. coli (розовые колонии), Enterococcus spp (синие колонии), Proteus mirabilis (коричневые колонии); предварительной идентификации KES-группы (Klebsiella, Enterobacter, Serratia). Также посев производили на 5% кровяной агар для выделения бактерий рода Streptococcus и определения гемолитических свойств микроорганизмов.

Культивировали при 37 °С в течение 24 часов при аэробных условиях. Выросшие бактерии, количество которых на чашке превышало 10*4 КОЕ/мл, считались возбудителями инфекции. При наличии роста проводили идентификацию выросших микроорганизмов методом MALDI ToF масс-спектрометрии с применением анализатора Autoflex III Smartbeam (Bruker Daltonics, Германия)и программного пакета MALDI Biotyper 3.1 (Bruker Daltonics, Германия).

Количественная ПЦР в режиме реального времени. Для определения концентрации микробной ДНК в исследуемом образце использовали плазмидные конструкции с клонированной последовательностью целевого продукта ДНК соответствующего возбудителя, растворенные в ТЕ-буфере (10mM Tris-HCl, pH 8,0; 1mM EDTA). Количество копий (геном-эквивалентов) плазмидной ДНК в стоковом растворе соответствовали концентрации 10*10 копий/мл. Затем путем 10-кратных разведений были приготовлены растворы с концентрацией ДНК 10*8—10*2 копий/мл, которые использовали для построения калибровочных кривых. Постановку ПЦР и интерпретацию полученных данных проводили на приборе iCycler IQ5 (BioRad, США) по следующей программе: 94 °С – 1,5 минуты, затем 40 циклов: 95 °С – 10 секунд (денатурация), 64 °С – 11 секунд (отжиг праймеров), 72 °С – 20 секунд (элонгация). Детекция продуктов прибором осуществляется автоматически в каждом цикле амплификации. На основе этих данных управляющая программа строит кривые накопления флуоресцентного сигнала по каждому из заданных для образцов каналу. Для расчета количества геном-эквивалентов соответствующих микроорганизмов в клинических образцах параллельно проводили реакцию амплификации с калибровочными образцами в концентрации от 10*8 до 10*2 копий/мл гена 16S rRNA.

Перерасчет количества геном-эквивалента в анализируемых образцах проводили с учетом копийности гена 16S rRNA для каждого детектируемого микроорганизма: Enterococcus sp, Streptococcus sp , Pseudomonas aeruginosae – 4 копии гена, Staphylococcus aureus – 5 копий, E. coli, Proteus sp, Serratia sp – 7 копий и Enterobacter sp – 8 копий гена. Все образцы, цикл выхода которых был ниже 35, считались отрицательными. По завершении всех действий программа автоматически рассчитывает точки пересечения кривых накопления флуоресцентного сигнала каждого образца с пороговой линией, строит калибровочную кривую и рассчитывает концентрацию ДНК в исследуемых образцах.

Результаты

Согласно результатам микробиологических посевов в 95 образцах мочи (95/200, 47,5%) роста микроорганизмов не наблюдалось, в 70 образцах (70/200, 35%) обнаружен один бактериальный возбудитель. В 35 образцах мочи (35/200, 17,5%) выявлены полимикробные инфекции, из них в 7 образцах (7/35, 20%) обнаружено более двух патогенов. В случаях мономикробной инфекции наиболее часто выявлялись Escherichia coli (27/70, 38,6%), Enterococcus faecalis (20/70, 28,6%) и Enterococcus faecium (8/70, 11,4%). В 4,3% (3/70) единственным выявленным возбудителем были коагулазонегативные стафилококки, в 2,9% (2/70) — Streptococcus spp. Бактерии KES-группы (Klebsiella, Enterobacter, Serratia) в моноинфицированных образцах обнаруживались в 10% случаев (7/70). В оставшихся образцах 4,3% выделенных возбудителей пришлось на долю Candida spp (2/70, 2,9%) и Pseudomonas mosselii (1/70, 1,4%). Среди образцов с полимикробными инфекциями в случаях выявления двух возбудителей доминировало сочетание E. сoli и E. faecalis (11/35, 31,4%). В 6 случаях обнаруживались сочетания бактерий E. coli/K. pneumonia (4/35, 11,4%), и E . faecаlis /Streptococcus spp. (2/35, 5,7%). При выявлении трех и более возбудителей сочетание E. coli / E. faecalis /Staphylococcus spp. было наиболее часто встречаемым (3/7, 42,9%).

Результаты ПЦР. Методом количественной ПЦР в режиме реального времени в 123 образцах (123/200, 61,5%) возбудителей не обнаружено. Из 77 положительных образцов (77/200, 38,5%) один бактериальный возбудитель выявлен в 48 образцах мочи (48/77, 62,3%), два возбудителя — в 16 образцах (16/77, 20,8%), три и более — в 13 образцах (13/77, 16,9%). Среди мономикробных образцов мочи согласно результатам ПЦР бактерии E. coli детектированы в 28 образцах (28/48, 58,3%), в 10 образцах (10/48, 21,8%) обнаружены бактерии рода Enterococcus, в 8 — бактерии группы KES (8/48, 16,7%), в 1 — Staphylococcus aureus (1/48, 2,1%), в 1 – Pseudomonas aeruginosa (1/48, 2,1%). При полимикробных инфекциях методом ПЦР сочетания E. coli и бактерий рода Enterococcus выявлены в 6 образцах (6/16, 37,5%). Сочетания E. coli и бактерий родов Enterobacter/Klebsiella, а также Enterobacter spp/Klebsiella spp и Enterococcus spp обнаруживались с одинаковой частотой – 3/16, 18,75%. При выявлении трех возбудителей одновременно доминирующим сочетанием было E. coli/Enterococcus spp/(Enterobacter spp/Klebsiella spp) – 7/13, 53,8%.

Обсуждение результатов

В последнее время появляется все больше информации об успешном применении метода ПЦР в качестве быстрой диагностики заболеваний, причиной которых являются бактериальные возбудители. В представленном исследовании рассмотрена возможность применения количественной ПЦР в режиме реального времени для быстрого обнаружения патогенов в моче пациентов с ИМП и бактериурией. Сравнение нового скринингового и традиционного культурального методов исследования мочи показало как сравнительное преимущество, так и ограничения в применимости обоих методов.

Основным недостатком стандартного бактериологического метода диагностики является длительность его исполнения, иногда превышающая 48 часов. В связи с долгосрочностью анализов зачастую пациентам назначается эмпирическая, часто неадекватная антибактериальная терапия либо до получения результатов идентификации патогена в моче, либо вообще без проведения каких-либо процедур, направленных на выявление возбудителя, а также установления его лекарственной чувствительности. Подобная терапия может увеличивать риск развития осложнений. Например, проведенные ранее исследования доказали, что каждый час задержки адекватной противобактериальной терапии пациентов с септическим шоком снижает уровень выживаемости на 8 %. Особенно критично данное положение у пациентов пожилого возраста, детей и лиц с иммунодефицитом.

В сравнении с культуральным методом получение результатов идентификации патогенов методом ПЦР занимает 4–5 часов, что может способствовать раннему назначению этиотропного лечения.

Важным критерием для постановки правильного диагноза является точность идентификации и подсчет количества микроорганизмов в клиническом материале. При подозрении на ИМП и бактериурию нередко в моче обнаруживается полиинфекция. Культуральный метод с применением селективных сред при полимикробной инфекции не лишен погрешностей в связи с невозможностью подбора оптимальных условий культивирования всех возбудителей инфекции, а проведение дополнительных биохимических тестов для определения видовой принадлежности бактерии является процессом трудоемким, дорогостоящим и долговременным.

Enterobacteriaceae. При дальнейшем исследовании культура была идентифицирована как Escherichia coli в первом случае и Klebsiella pneumoniae во втором методом масс-спектрометрии.

Традиционно, клинически значимым количеством патогенов в моче является 10*4 КОЕ/мл. В последние годы согласно рекомендациям Американского Сообщества Микробиологов (ASM, American Society for Microbiology) и European urinalysis guideline количество патогенов в моче ≥103 КОЕ/мл может интерпретироваться как причина возникновения ИМП или бактериурии, особенно если в моче присутствуют грамотрицательные бактерии (E. coli, Enterobacter spp, P. mirabilis, P. aeruginosa, Serratia marcescens, K. pneumoniae и др.). Мы также проверили значимость полученных данных, принимая во внимание содержание клеток в моче от 10*3 КОЕ/мл и выше.

Более значимые изменения в результатах наблюдались при исследовании полимикробных образцов с учетом снижения порога до 10*3. Частота обнаружения ДНК E. coli в смешанных образцах возросла с 21 до 29, тогда как результаты микробиологических посевов мочи не изменились. Значительно увеличилось количество детектированных бактерий рода Enterococcus (с 22 до 34 методом ПЦР), Enterobacter spp и Klebsiella spp (с 16 до 25 методом ПЦР) в полимикробных пробах. Также почти в 2 раза возросла частота обнаружения бактерий рода Serratia (с 3 до 7).

В 29 образцах при отсутствии роста микроорганизмов на питательных средах методом ПЦР-диагностики дополнительно было выявлено 42 патогена в количестве 10*3 – 10*4 геном-эквивалентов/мл. Из них 13 были мономикробные образцы и 16 - полимикробные. Среди моноинфицированных проб чаще всего выявляли представителей семейства Enterobacteriaceae (3 E. coli, 6 бактерий KES-группы), энтерококки детектировали в 3 случаях, стрептококки — в 2 случаях, P. aeruginosa – 1, и S. aureus – 1. При анализе 16 полимикробных образцов мочи дополнительно методом ПЦР выявлены бактерии семейства Enterobacteriaceae (E. coli – в 4 случаях, бактерии группы KES – в 9), Enterococcus spp – в 6 случаях, P. aeruginosa — в 3, S. aureus – в 2, Proteus spp — в 1 и стрептококки – в 1. Согласно данным, представленным в ASM

Опираясь на количественные данные, мы сопоставили количество КОЕ/мл, полученные при культуральном методе идентификации, и количество геном-эквивалентов/мл каждого микроорганизма, полученных при пересчете данных после ПЦР. В 11 случаях количество геном-эквивалентов E. coli в мл превышало количество КОЕ, выросших на чашках, на 1,5–2 порядка, других патогенов семейства Enterobacteriaceae — в 9 пробах, энтерококки — в 8 образцах мочи, Proteus spp — в 2, S. aureus и P. aeruginosa – в 1. Мы полагаем, что подобные результаты могут быть получены вследствие начала приема антибактериальных препаратов, назначенных до сдачи мочи на анализ и получения результатов выделения патогенов в моче. При наличии инфекции прием антибактериальных препаратов приводит к уменьшению количества заселяющих мочевыводящий тракт микроорганизмов, вследствие чего титр жизнеспособных клеток в моче при микробиологическом посеве будет ниже. Так как при выделении ДНК все бактериальные клетки подвергаются лизису, количество геном-эквивалентов рассчитывается, исходя из тотального количества ДНК в пробе, что не отражает жизнеспособности бактерий. Принимая во внимание, что моча является достаточно агрессивной средой, не пригодной для нормальной жизнедеятельности микроорганизмов, количество мертвых клеток в моче могло увеличится также вследствие несоблюдения правил хранения и транспортировки проб мочи с момента взятия материала до момента проведения анализа. Полагая, что бактерии могли погибнуть в моче вследствие длительной транспортировки или при неправильном хранении пробы, можно ожидать, что первоначальный титр жизнеспособных клеток в моче был выше, что дает основания рассматривать результаты ПЦР как истинные, а результаты посевов как ложноотрицательные или заниженные. Особенно актуальным остается этот вопрос при выявлении грамотрицательной флоры. В 12 образцах при наличии роста микроорганизмов на питательных средах методом ПЦР искомых патогенов обнаружено не было. В 8 случаях преобладала грамположительная флора: в 1 полимикробной пробе мочи, поступившей от беременной, были детектированы 2 патогена в количестве 10*4 КОЕ/ мл: E. faecalis и Streptococcus agalactiae, у 6 пациентов обнаружен энтерококк в титре от 10*4 до 10*5, в 2 пробах детектированы S. agalactiae 10*5 КОЕ/ мл.