Посев на возбудителей кишечной инфекции сальмонеллы шигеллы
Комплексное молекулярно-генетическое исследование, которое позволяет выявить генетический материал наиболее вероятных возбудителей острых кишечных инфекций в кале и установить этиологию заболевания.
Синонимы английские
Acute intestinal infection screening; Bacterial and viral diarrhea screening, PCR, fecal samples.
Полимеразная цепная реакция в режиме реального времени.
Какой биоматериал можно использовать для исследования?
Как правильно подготовиться к исследованию?
- Исследование рекомендуется проводить до начала приема антибиотиков и других антибактериальных химиотерапевтических препаратов.
- Исключить прием слабительных препаратов, введение ректальных свечей, масел, ограничить прием медикаментов, влияющих на перистальтику кишечника (белладонна, пилокарпин и др.) и на окраску кала (железо, висмут, сернокислый барий), в течение 72 часов до сбора кала.
Общая информация об исследовании
Острые кишечные инфекции (ОКИ) – группа заболеваний, обусловленных вирусами, бактериями или паразитами, для которых характерен фекально-оральный механизм передачи. Общими для данных инфекций являются факторы передачи: пищевые продукты, вода, инфицированные бытовые предметы и грязные руки. Первые симптомы возникают через несколько часов или дней после инфицирования, начало резкое, с появлением частого жидкого стула, рвоты, боли в животе, признаков интоксикации (лихорадки, озноба, тошноты). Заболевание может носить групповой характер и проявиться у нескольких человек, употреблявших инфицированную пищу или воду.
Согласно официальной статистике, в России до 65-67% заболеваний этой группы составляют ОКИ неуточненной этиологии. Если возбудитель инфекции неизвестен, эффективность противоэпидемических мероприятий ограничивается. Соотношение частоты выявления вирусных и бактериальных патогенов варьируется в разных возрастах: у детей до 3 лет на долю вирусных агентов приходится 80-90% заболеваний, на долю бактериальных – 10-20%; среди взрослых пациентов доля вирусных возбудителей снижается до 30%.
Shigella species и Esherichia coli – грамотрицательные палочковидные микроорганизмы из семейства энтеробактерий. К роду Shigella относятся патогенные бактерии S. dysenteriae, S. flexneri, S. boydii и S. sonnei, которые являются возбудителями шигеллеза (бактериальной дизентерии). Энтероинвазивные E. coli (EIEC) очень близки с шигеллами, синтезируют и выделяют шигеллоподобный токсин, способны проникать в клетки слизистой кишечника и разрушать энтероциты, что приводит к образованию язвенных дефектов в слизистой кишечника. За значительную часть случаев "бактериологически неподтвержденной дизентерии", особенно у детей, ответственен энтероинвазивный эшерихиоз.
Бактерии рода Salmonella относятся к семейству энтеробактерий. S. typhi и S. parathyphi являются возбудителями брюшного тифа и паратифа. Существует множество серовариантов Salmonella species, способных вызвать у человека инфекцию по типу гастроэнтероколита, а также стать причиной внутрибольничных инфекций. Сальмонеллез может протекать в форме острой кишечной инфекции, тяжелой генерализированной инфекции или бессимптомного носительства. Окончательный диагноз ставится только после выделения возбудителя или обнаружения его ДНК.
Кампилобактерии являются одними из наиболее сложных для культивирования (которое требуется в ходе анализа) микроорганизмов. Это объясняется их микроаэрофильностью и возможностью подавления их роста сопутствующей флорой. Род кампилобактерий объединяет как возбудителей ОКИ (термофильные виды), так и сапрофитные и условно-патогенные виды, о чем необходимо помнить при выявлении этих микроорганизмов в клиническом материале. Применение наборов на основе ПЦР для определения термофильной группы кампилобактерий позволяет не только избежать трудоемкой и высокозатратной бактериологической работы, но и четко ограничить детекцию тех видов кампилобактерий, которые имеют этиологическую связь с острой кишечной инфекцией (С. jejuni, C. coli, C. lari, C. upsaliensis).
В соответствии с данными зарубежной литературы, норовирус – наиболее частый возбудитель вспышек ОКИ небактериальной этиологии. Эта особенность связана с низкой инфицирующей дозой и высокой устойчивостью в окружающей среде. ПЦР является "золотым стандартом" в клинической диагностике норовирусных инфекций.
Несмотря на несколько меньшую в сравнении с рота- и норовирусами распространенность, астровирусы составляют значительный пласт кишечных инфекций, у трети пациентов протекающий с явлениями колита. Ротавирусы группы А являются наиболее частой причиной спорадических заболеваний ОКИ у детей, а ДНК-содержащий аденовирус F (серотипы 40 и 41) нередко вызывает вспышки гастроэнтеритов у детей младшего возраста.
Для выявления и дифференциальной диагностики кишечных инфекций используются культуральные и молекулярно-генетические методы исследования генетического материала возбудителя в кале и определение концентрации специфических иммуноглобулинов в крови. ПЦР обладает преимуществом перед культуральными методами благодаря быстрому получению результатов, высокой специфичности и чувствительности исследования. Данный анализ позволяет со 100-процентной точностью определить возбудителя кишечного заболевания, а быстрая диагностика острых кишечных инфекций помогает избежать лишних процедур и оперативных вмешательств, своевременно начать лечение и ограничить очаг распространения инфекции.
Для чего используется исследование?
- Для установления этиологического фактора острой кишечной инфекции;
- для дифференциальной диагностики причин острого гастроэнтероколита (воспаления ЖКТ).
Когда назначается исследование?
- При симптомах острого гастроэнтерита, вероятно, инфекционной этиологии (жидкий частый стул, рвота, лихорадка, боли в животе);
- при одновременном или последовательном развитии ОКИ у нескольких членов семьи, у детей в детском учреждении или пациентов в стационаре;
- при подозрении на развитие внутрибольничной кишечной инфекции (при обострении симптомов энтероколита у пациента, находящегося на лечении по поводу ОКИ).
Что означают результаты?
Референсные значения: отрицательно.
Причины положительного результата:
- присутствие ДНК или РНК возбудителя ОКИ; этиология в зависимости от выявленного вида возбудителя (Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus (2-й генотип), Astrovirus).
Причины отрицательного результата:
- отсутствие инфицирования Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus (2-й генотип), Astrovirus.
- Рекомендуется проводить исследование в первые 3 суток с начала заболевания, у госпитализированных пациентов – в первый день госпитализации.
- Важно помнить, что острый энтероколит может быть обусловлен и другими инфекциями (например, амебами, лямблиями, иерсиниями, клостридиями, протеями и др.) или неинфекционными причинами (токсинами, ядовитыми веществами, острой непроходимостью кишечника, тромбозом сосудов брыжейки, воспалительными заболеваниями кишечника, острым панкреатитом, аппендицитом, целиакией, острым гепатитом, мальабсорбцией, дивертикулитом).
Кто назначает исследование?
Инфекционист, гастроэнтеролог, терапевт, педиатр.
Литература
- Борисов Л. Б. Медицинская микробиология, вирусология, иммунология. М.: МИА, 2005. – 736 с.
- Gómez-Duarte O., Bai J., Newel E. Detection of E. coli, Salmonella spp., Shigella spp., Yersinia enterocolitica, Vibrio cholerae, and Campylobacter spp. enteropathogens by Three-reaction Multiplex PCR. Diagn Microbiol Infect Dis. 2009 January; 63(1): 1-9. PMCID: PMC2701628.
Информация об исследовании
ПЦР (полимеразно- цепная реакция) - это метод, который позволяет найти в клиническом исследуемом материале небольшой участок генетической информации (ДНК) любого организма среди огромного количества других участков и многократно размножить его.
Биологический материал: кал.
Правила подготовки: кал следует сдавать до начала приема антибиотиков и химиотерапевтических препаратов (если это невозможно, то не ранее чем через 12 часов после отмены препарата).
Энтероинвазивные E.coli.
Кишечная палочка(E.coli) - возбудитель эшерихиозов, основная аэробная часть микрофлоры кишечника. Это граммотрицательные палочковые бактерии, принадлежащие к семейству Enterobacteriaceae. E.coli является обычным обитателем кишечника многих млекопитающих и приматов, к числу котрых принадлежит человек. Поэтому её называют кишечной палочкой. В организме человека кишечная палочка выполняет полезную роль, подавляя рост вредных бактерий и синтезируя некоторые витамины. Однако существуют разновидности бактерий E.coli способных вызывать у человека острые кишечные заболевания. В настоящее время выделяют более 150 типов патогенных (энтеровирулентных) палочек E.coli, объеденённых в 4 класса:
-Энтеропатогенные (ЭПЭК)
-Энтеротоксигенные (ЭТЭК)
-Энтероинвазивные (ЭНЭК)
-Энтерогемморагические (ЭГЭГ)
Энтероинвазивные кишечные палочки - возбудители поражений весьма напоминающих бактериальную дизентерию.Патогенез тоже носит черты явного сходства: подобно шигеллам энтероинвазивные кишечные палочки проникают и размножаются в клетках эпителия кишечника. Как и шигеллы они неподвижны и не способны ферментировать лактозу.
Поражения характеризуются выраженными болями в животе и профузной водянистой диареей с примесью крови. На инвазивность указывает большое количество полиморфных ядерных лейкоцитов в испражнениях. Путь передачи: фекально-оральный.
Источник инфекции:
-Больной человек и животные
-Бактериносители
-Фекально-загрязнённые продукты питания и вода
Одним из подтверждающих методов диагностики эшерихиоза является ПЦР.
Биологический материал: кал.
Правила подготовки: кал сдается до начала приема антибиотиков и химиотерапевтических препаратов (если это невозможно, то не ранее чем через 12 часов после отмены препарата).
Сальмонелла (Salmonella spp.)
Сальманеллёзы - острые кишечные инфекции животных и человека, вызываемые сальмонеллами. Salmonella spp - это подвижные, грамотрицательные палочки, принадлежащие к роду Salmonella, семейства Enterobacteriacea (энтеробактерии).
Источник инфекции:
-Больные животные
-Больной человек
-Бактериносители
Путь передачи: алиментарный - через инфицированные пищевые продукты, как правило животного происхождения (мясо, мясные продукты, молоко, яйца, особенно утиные и гусиные, студень), при вынужденном неправильном убое животных, нарушений правил хранения и приготовления продуктов (соприкосновение готовой и сырой продукции, недостаточная термическая обработка продуктов перед употреблением и т.д.).
Клиническая картина.
Инкубационный период колеблется от 2-6 часов до 2-3 суток. Клинические проявления сальмонеллезов от бессимптомного носительства возбудителя инфекции до тяжелых септических форм.
Правила подготовки: кал следует сдавать до начала приема антибиотиков (если это невозможно, то не ранее чем через 12 часов после отмены препарата).
Кампилобактерии (Campylobacter spp.)
Кампилобактериоз - это острое инфекционное зоонозное заболевание, характеризующееся синдромом общей интоксикации, поражением желудочно-кишечного тракта и возможностью генерализации патологического процесса.
Кампилобактерии (Campylobacter spp.) представители семейства Campylobacteriaceae - мелкие необразующие спор грамотрицательные палочки.
В настоящее время в состав семейства Campylobacteriaceae входит три рода: Campylobacter, Helicobacter, Arcobacter.
Эпидемиология.
Клиническая картина.
Инккубационный перид: 1-10 дней (чаще 2-5 дней).
Подготовка к исследованию: |